Одна из наиболее либеральных протестантских сект. Зародившись в Южной Европе, движение вскоре переместилось в страны Средней Европы. В Женеве произошла встреча врача Мигеля Сервета (Michael Servetus, Miguel Servet, Miguel Serveto (29 сентября 1511 - 27 октября 1553)), одного из носителей новых взглядов, с Кальвином. Услышав проповеди Сервета, Кальвин вознегодовал и позже, по его требованию, Сервет был сожжен на костре. В Польше и Венгрии вольнодумцам удалось объединиться в свободную единую общину унитариев (unitarians), известных также под названием «социане». Их учение носит рационалистический характер. Оно отвергает догмат о Св. Троице, Боговоплощение. В Боге, по мнению унитариев, одно лицо (отсюда - «унитарии»), Христос - не Бог, но великий учитель и пример самоотверженного служения. В том же XVI веке были изгнаны из Польши. Учение в значительной мере распространилось в Англии и Америке.

Анабаптисты (аnabaptists) или перекрещенцы (от греч. ανα - «опять, вновь» и греч. βαπτιζω - «крещение», то есть «вновь крещёные») ставили своей целью завоевание свободы, отвержение всех существующих властей, общественных отношений, и установление полного равенства в пользовании имуществом.
Секта возникла в 1520 г. в Саксонии. Лютер выступил против проповедников нового течения, вступил с ними в горячий спор, а позже назвал исчадиями ада и проклял их в Виттенбурге. Их проповедь о грядущем страшном суде, рассказы об апокалиптических видениях овладели умами широких слоев населения и вызвали волнения.
В 1524 г. в Мюнстере булочник из Голландии Ян Матис (Jan Matthys, Jan Matthias, Johann Mathyszoon) захватил власть, объявил Мюнстер Новым Иерусалимом, себя - царем Нового Сиона и приказал разрушить храмы, сжечь библиотеки и произведения искусства, перебить состоятельных граждан и духовенство. Была введена общность жен. Режим Матиса просуществовал до 1535 года, когда город был взят правительственными войсками. После падения «Нового Иерусалима» движение стало клониться к упадку. К жизни его вернул бывший католический священник, обратившийся в анабаптизм, Менно Симонс (Menno Simons (1496 - 31 января 1561)).

Менно удалось собрать рассеявшихся анабаптистов в общины и ввести строгую дисциплину. Он сохранил отрицательное отношение к католицизму и лютеранству, активно-революционное отношение к государству сменил пассивно-отрицающим, проповедуя уклонение от присяги, от военной и гражданской службы и от обращения в суды. Тогда же организация переменила название на меннонитов (mennonites), по имени преобразователя. Кроме Германии, общины меннонитов распространились в Голландии, России, Англии и Америке.

Одновременно с баптистами в Англии и Шотландии возникла секта квакеров (quakers), основанная членом пресвитерианской общины Георгом (Джорджем) Фоксом (George Fox (июль 1624 - 13 января 1691)). В 1647 году Фокс создал «Религиозное Общество Друзей» (Religious Society of Friends), более известное под названием квакеры. Последовательно развивая основные положения учения Лютера, Фокс пришел к следующим выводам: 1) истинным толкователем Св. Писания является только Дух Святой и за прошедшие столетия этот Истинный Толкователь не был ни в одном из религиозных обществ и, следовательно, в них нет истинного христианства; 2) только Георг Фокс получает откровения непосредственно от Духа Святого; и 3) истинное христианство не в догматах, не в богословских системах и не в Церкви, а в непосредственном озарении каждого человека от Духа Святого, который, не только учит, как правильно понимать Св. Писание, но и может привести к спасению каждого человека в отдельности. Квакеры отвергают все христианские таинства, в т.ч. Крещение, государственную власть, военную службу и присягу. В настоящее время общины квакеров существуют в США, Англии, Голландии и Германии.