Основателем этого учения стал ученый монах-расстрига Мартин Лютер (Martin Luther (10 ноября 1483 - 18 февраля 1546)). В 1510 году ему лично пришлось наблюдать распущенность папского двора и римского духовенства. В 1516 году, в связи с очередной активизацией продажи индульгенций (грамот, в которых свидетельствовалось, что купивший их человек освобождается от наказания за грехи), Лютер выступил с обличениями этого явления. Завязался словесный поединок между папской властью и Лютером, которому пригрозили костром инквизиции. В 1520 году Лютера отлучили от церкви и лишь заступничество некоторых рыцарей, князей, профессоров и широких кругов германской общественности спасло его от смерти.

В 1529 г. германские князья и представители городов подписали Протестацию - протест против решения II Шпейерского рейхстага об ограничении распространения в Германии лютеранства, откуда и появилось название «протестанты». Основная цель, которую преследовал Лютер, вступив в борьбу с Римом, - это возвращение христианства к его первоначальной чистоте. Одним из главных элементов вероучения Лютера является утверждение о возможности спасения человека одной лишь верой: «Человек вполне пассивно относится к своему обращению, а лишь переносит, что делает с ним Бог. Спасение совершается Самим Богом, не делами человека, но одной верою в искупление, совершенное Христом, и эта вера является единственным условием спасения». Особенностью этой веры является то, что человек верит и не сомневается в том, что он один из тех, которым дана благодать. Если он в это верует - он свят, благочестив, оправдан и есть дитя Божье. В вопросе о церкви и священстве Лютер учит, что церковь следует понимать в двух смыслах: как видимое общество крещеных людей (церковная масса) и как невидимое общение, духовное общество, объединенное всеобщей любовью. Такая церковь невидима и верные чада ее известны лишь Господу Сердцеведцу. А духовное священство - принадлежность христиан. «Все мы священники, т.е. все мы дети Христа... Все мы через крещение делаемся священниками». Такой подход позже послужил тому, что многие из протестантских конфессий вообще откажутся от института церковной иерархии как людей, особо наделяемых благодатью, сохраняющих ее и имеющих особое право на передачу ее через рукоположение. В Российской империи лютеране, равно как и представители других традиционных протестантских конфессий, появились в XVI веке. Сначала протестанты пользовались большим доверием среди некоторых представителей российских властей того времени, а в условиях постоянной военной конфронтации с католической Польшей даже рассматривались как естественные союзники православной России в борьбе против попыток католической экспансии в Европе. Численность лютеран значительно увеличилась при Екатерине II, решившей привлечь немцев к освоению земель Поволжья. Две трети новых поселений, возникших вдоль нижней Волги, были лютеранскими. Небольшие группы лютеран расселились также на юге России, в Бессарабии, Закавказье и Крыму. Приток лютеран продолжался в течении всего XIX века. Лютеранские общины появились в шахтерских городах Украины, на крайнем севере, Дальнем востоке и даже на Аляске (1867 г.) В 1802 г. в Дерптском университете открывается лютеранский богословский факультет, в 1832 г. складывается административная структура Лютеранской церкви, просуществовавшая до 1917 г. К 1904 г. Евангелическо-Лютеранская церковь Российской империи имела 287 лютеранских храмов, а численность верующих лютеран составляла более миллиона человек. С приходом советской власти в 1917 г. наступило время тяжелых испытаний для всех верующих. В 1927 г. в СССР было 114 лютеранских пасторов, в 1934-м - 45, в 1936-м - 8, а к концу 1937 г. уже не было вообще ни пасторов, ни приходов. Возрождение Евангелическо-Лютеранской церкви началось с середины 1950-х годов. После долгого перерыва первая лютеранская община российских немцев была зарегистрирована в Казахстане в 1955 г. В 1977 г. был открыт приход в Пушкине (Ленинградская обл.) - первая из лютеранских общин Ингрии, возрождавшихся в конце 70-х - начале 80-х.

В 1999 году католики и лютеране заключили совместное богословское соглашение. Через 482 года после того, как Мартин Лютер вывесил на двери церкви в Виттенберге свои знаменитые 95 тезисов, положив таким образом начало Реформации, лютеране и католики торжественно подписали совместную декларацию, положившую конец вековым богословским спорам по вопросу о том, как происходит оправдание христианина - только верой (как учил Лютер) или верой и добрыми делами (как учит Римско-Католическая Церковь). В лютеранской церкви св. Анны в баварском Аугсбурге кардинал Эдвард Кэссиди, президент Папского совета по содействию христианскому единству, и лютеранский епископ Брауншвейгский Христиан Краузе, президент Всемирной Лютеранской федерации (ВЛФ), подписали Совместную декларацию о доктрине оправдания. В соответствии с этим документом, обе стороны пришли к «консенсусу в области основополагающих истин» по вопросу об оправдании верой. В этой связи, говорится далее в тексте, «взаимные доктринальные осуждения более не относятся к учению обеих сторон в том виде, в каком оно представлено в Совместной декларации». Ключевая фраза документа заключена, по мнению экспертов, в параграфе 15: «Вместе мы исповедуем, что нас принимает Бог и что мы стяжаем Святой Дух, Который обновляет наши сердца, укрепляет нас и призывает нас к добрым делам - не на основе наших заслуг, но только через благодать и веру в спасительное дело Христово». Вслед за кардиналом Кэссиди и епископом Краузе свои подписи под декларацией поставили генеральный секретарь ВЛФ д-р Ишмаэл Ноко и секретарь Папского совета по содействию христианскому единству епископ Вальтер Каспер. Когда, подписавшись под историческим документом, они обнялись, все присутствующие в церкви разразились бурными аплодисментами. Под неутихающий звук аплодисментов свои подписи под декларацией поставили также шесть вице-президентов ВЛФ: Сигрун Мугедаль (Норвегия), Пармата Абасу Ишайя (Нигерия), д-р Прасанна Кумари (Индия), д-р Юлиус Фило (Словакия), Уберто Кирххайм (Бразилия) и епископ Джордж Андерсон (США). «Мы являемся свидетелями важнейшего события в истории наших Церквей, - сказал в своей проповеди епископ Краузе. - Впервые за многие века здесь, в Аугсбурге, мы вновь вступили на общую почву. Антагонизм, а зачастую даже вражда между нашими Церквами являлись источником конфликтов, горя и страданий для многих людей во многих странах мира. Да дарует нам Бог новые силы для примирения и мужество для поисков мира». В своей проповеди кардинал Кэссиди сказал, что в этот день лютеранам и католикам удалось заключить соглашение, которое стало важной вехой на пути «восстановления единства между последователями Христовыми». «Совместная декларация о доктрине оправдания дает новую жизнь и новую надежду всему экуменическому движению», - сказал ватиканский прелат. В тот же день в Риме, в своей проповеди после молитвы «Ангелус» Иоанн Павел II выразил удовлетворение в связи с подписанием декларации, которая, по его словам, стала «важной вехой на не всегда простом пути к восстановлению полного единства между христианами». «Я хочу поблагодарить Господа за то, что Он сделал возможным этот шаг», - сказал Папа. В то же время подписание богословской декларации не означает не только полного объединения лютеран с католиками, но и не предусматривает общения в таинствах между двумя конфессиями. Кардинал Кэссиди и епископ Каспер подчеркнули, что для евхаристического общения необходим дальнейший диалог о природе власти в Церкви и о священнослужении. Аугсбург был выбран для подписания декларации неслучайно. Именно в этом городе в 1530 году последователи Лютера представили императору Карлу V и рейхстагу так называемое Аугсбургское исповедание - основные положения лютеранской веры. Аугсбург - центр протестантизма в католической Баварии - имеет давние традиции религиозной терпимости. Торжества по поводу подписания декларации начались с покаянного богослужения в католическом соборе Аугсбурга: католики и лютеране попросили друг у друга прощения за то, что в ходе истории они не всегда пытались сохранить единство. Затем более 2000 человек прошли пешком около километра к лютеранской церкви св. Анны, где состоялась экуменическая молитва, после которой и была подписана декларация. Подписанию декларации предшествовал богословский диалог между ВЛФ и католической Церковью, который начался вскоре после завершения II Ватиканского Собора в 1965 году и продолжался более 30 лет. Помимо официальной совместной декларации, было составлено и подписано специальное «приложение», в которое вошли вопросы, остающиеся, по мнению лютеранских и католических богословов и иерархов, «открытыми». ВЛФ объединяет 128 Лютеранских Церквей 70 стран мира, общая численность членов которых достигает 58 млн. человек (всего в мире насчитывается 61,5 млн. лютеран).